แทสก์แมนิเจอร์เป็นเป้าหมายหนึ่งของการโจมตีจากไวรัสคอมพิวเตอร์หรือมัลแวร์ โดยเฉพาะมัลแวร์ที่สามารถปิดโปรแกรมนี้ทันทีเมื่อเรียกใช้ ทำให้สามารถซ่อนตัวจากผู้ใช้ได้เช่น Zotob หรือ Spybot เป็นต้น [2] และเนื่องจากเครื่องมือกรุปพอลิซี (Group Policy) สามารถเปิดปิดการใช้งานของแทสก์แมนิเจอร์ได้ มัลแวร์จำนวนหนึ่งจึงใช้ช่องทางนี้เข้าไปแก้ไขการตั้งค่าของรีจิสตรีเพื่อปิดแทสก์แมนิเจอร์ นอกจากนั้นมัลแวร์ Rootkit สามารถป้องกันตนเองจากการแสดงรายชื่อในแทสก์แมนิเจอร์ เพื่อไม่ให้ผู้ใช้ตรวจพบและยกเลิกการทำงานของมัน